La jugabilidad de Inazuma Eleven 3: La Amenaza del Ogro combina partidos de fútbol con batallas de rol. Durante los partidos, los jugadores pueden controlar a sus personajes y realizar diversas acciones, como correr, pasar y disparar. Sin embargo, cuando se enfrentan a otros equipos o criaturas, el juego cambia a un sistema de batalla por turnos, donde los jugadores pueden utilizar habilidades especiales y estrategias para derrotar a sus oponentes.