इन द हार्ट ऑफ द सी फिल्म की कहानी व्हेल शिप एस्सेक्स के इर्द-गिर्द घूमती है, जो एक समुद्री जहाज है जो व्हेल शिकार के लिए रवाना होता है। इस जहाज पर तीन नए और अनुभवी नाविक हैं - जॉर्ज पॉलैंडर (क्रिस हेम्सवर्थ), ओवेन चेज (टॉम हिडलस्टन), और मैथ्यू जॉय (बेन व्हिटली)। जब वे समुद्र में होते हैं, तो उन्हें एक विशाल और खतरनाक व्हेल का सामना करना पड़ता है, जो उनके जहाज को नष्ट कर देता है।